Kvantifisering av hoppekrepsparasitter med digitale fluorescens-bilder

Abstract

Hensikten med dette prosjektet var å utvikle en automatisert metode for å finne parasitter i hoppekreps. Jeg lette mer spesifikt etter Blastodinium som er en slekt av parasittiske dinoflagellater. Derfor ble det brukt propidiumjodid (PI), som er et stoff som fester seg på DNA. PI fluoriserer når det er bundet til DNA. Fordi dinoflagellatene har mer kompakt DNA lyste de mye sterkere enn hoppekrepsens kroppsvev. Det ble brukt en robot til å ta bilde av hele zooplanktonprøver, ikke bare enkeltdyr. Prøvene ble deretter analysert i bildebehandlingsprogrammet ImageJ med ZooProcess funksjonen. Denne funksjonen lager et eget bilde av hvert individ som var til stede i bildet. Det var flere av prøvene som viste tegn til parasitter. Metoden ble brukt på zooplankton-prøver fra et år i Oslofjorden. Tidsserien i Oslofjorden viste topper i parasittprevalens på over 10% i juni og juli. Parasittprevalensen for resten av året så ut til å holde seg rundt 5%. Det ble derfor vist at digitale fluorescens-bilder kan bli brukt til kvantifisering av hoppekrepsparasitter.