Heleksomsekvensering (WES) i to pasienter med progressive epileptisk encephalopati

Abstract

METODER: Heleksomsekvensering (WES) ble brukt til å identifisere potensielle sykdomsgivende varianter i to brødre med «Dravet-like» progressiv epileptisk encephalopati født av inngiftede foreldre ved analyse av en invertert trio bestående av pasienter og frisk mor. Identifiserte varianter ble prioritert ved hjelp av filtrering, bioinformatiske verktøy og litteratursøk. Autozygositetsmapping ble brukt for å undersøke hvorvidt prioriterte varianter forekom i autozygositetsområder i pasientene. Sangersekvensering ble brukt for å verifisere funnene. RESULTATER: En ny homozygot frameshift delesjon i gap junction alpha 9 (GJA9) og en ny homozygot missense variant i phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class T (PIGT) ble identifisert ved WES. Sangersekvensering bekreftet at variantene segregerte med sykdomsstatus i familien; at pasientene var homozygote og friske foreldre og søster var heterozygote for variantene. GJA9 koder for et konneksin-protein av ukjent funksjon. PIGT er del av phosphatidylinositol-glycan (GPI)-biosyntese pathway, og PIGT mutasjoner har blitt vist å forårsake PIGT congenital disorders of glycosylation (PIGT-CDG). Tidligere PIGT-CDG pasienter viser stor grad av fenotypisk overlapp med våre pasienter. Flow cytometri bekreftet et redusert uttrykk av glycosylphosphatidylinositol (GPI) og GPI-forankrede proteiner på overflate til leukocytter fra Pasient 1 og pasientfibroblaster sammenlignet med friske kontroller, og bekreftet at varianter er patogen. Markering av Thy-1 membranglykoprotein på fibroblaster ble verifisert ved immunofluoroscence, og et villtype PIGT-uttrykkskonstrukt ble konstruert for videre funksjonelle eksperimenter. KONKLUSJON: Vi identifiserte en ny homozygot mutasjon i PIGT som fører til PIGT-CDG. Villtype PIGT-uttrykkskonstruktet kan benyttes for videre undersøkelser av PIGT-funksjon i immunofluoroscencsstudier. GJA9-varianter er en variant of unknown significance (VUS).