| dc.description.abstract | Sammendrag
bcr1 er et ~155 bp langt ikke kodende repetert element, funnet kun i Bacillus cereus-gruppen, og spesifikt på kromosomet (det er aldri funnet på plasmid). Dette repeterte elementet er ofte å finne i intergenetiske regioner, og dets organisering i kromosomale loci er generelt lite konservert fra en stamme til en annen. Organiseringen av gener som flankerer bcr1 er derimot oftest konservert. bcr1 har terminale direkte repeterte sekvenser (TTTAT), et trekk som er typisk for visse typer mobile elementer. Det er vist in silico at bcr1 har evne til dannelse av stabil sekundærstruktur på RNA-nivå. Kompensatoriske mutasjoner er påvist, og dette kan bety at opprettholdelse av denne strukturen er meget viktig for bcr1- elementets integritet og/eller funksjon..
Repeterte elementer som ikke koder for proteiner er ofte funnet spredt rundt i ulike bakterielle genom. Mange av disse elementene kan ha modifiserende effekt på uttrykk av gener, eksempelvis er dette vist for REP i E. coli og BOX-elementer i gram-positive bakterier, og er også foreslått for nemis, et repetert element i patogene Neisseria-stammer. I likhet med bcr1 innehar både REP og BOX-elementene mulighet til å danne hårnål-liknende strukturer, og disse strukturene opprettholdes av kompensatoriske mutasjoner.
Det er i dette studiet gjennomført en rekke transkripsjonsanalyser av bcr1, ved RT-PCR, Northern og primer extension av bcr1-elementet bcr1_3R og dets flankerende gen i B. cereus ATCC 14579 (AH183). Det ble ved RT-PCR detektert at bcr1 var uttrykt på et kotranskript i et togens operon med BC_0446 og BC_0447. Disse genene ble så funnet med bioinformatiske hjelpemidler, i konserverte regioner i både B. cereus ATCC 14579, B. cereus ATCC 10987 og B. thuringiensis var. konkukian 97-27, mens bcr1_3R kun var å finne i det korresponderende locus i B. cereus ATCC 14579. Sekvensering av RT-PCR produktene bekreftet at det var detektert ønskede sekvenser. Det kan per i dag ikke utelukkes at ytterligere gener oppstrøms for BC_0446 kan være del av dette operonet, da RT-PCR og Northern hybridisering ikke ga et entydig svar på dette. Disse forsøkene må derfor gjentas for å få klarhet i dette.
For deteksjon av 5 ende av bcr1_3R, ble det gjennomført et forsøk med primer extension. Resultatet fra dette forsøket kan indikere at bcr1 også kan være uttrykt alene på eget transkript, eller at bcr1_3R blir klippet av kotranskriptet i en posttranskripsjonel prosessering. Et lignende scenario har tidligere blitt påvist for nemis, der det er vist at det repeterte mobile elementet nemis er uttrykt både på kotranskript, men også eksisterer alene på eget transkript.
At det i dette studiet ble detektert at bcr1_3R ble kotranskribert i et operon, kan gi støtte til teorien om at dette elementet kan tenkes å ha en modifiserende effekt på uttrykk av gen den flankeres av. Den detekterte kotranskripsjonen og eventuell etterfølgende prosesseringen av bcr1 kan danne et godt grunnlag for videre funksjonsanalyser av bcr1 generelt, og bcr1_3R spesielt. | nor |