dc.date.accessioned | 2013-03-12T08:52:12Z | |
dc.date.available | 2013-03-12T08:52:12Z | |
dc.date.issued | 2010 | en_US |
dc.date.submitted | 2010-05-14 | en_US |
dc.identifier.citation | Brekke, Malin. ANALYSE AV T-LYMFOCYTTER OG TARMCELLER FOR Å DETEKTERE P-GLYKOPROTEIN. Masteroppgave, University of Oslo, 2010 | en_US |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/10852/11898 | |
dc.description.abstract | Det ble forsøkt å isolere og påvise P-glykoprotein (P-gp) i humane prøver av T-lymfocytter og tarmceller ved å benytte ulike metoder for prøveopparbeidelse. Metodene ble fulgt av fast-fase-ekstraksjon (SPE) med selvlagde C18 SPE-tipper og LTQ Orbitrap LC-MS/MS. Programvaren Proteome Discoverer og søkealgoritmen SEQUEST ble brukt til å identifisere proteiner i prøvene.De forskjellige (prøveopparbeidelses)metodene som ble benyttet var:
•Immunoaffinitetsekstraksjon med in-well proteolyse. Metoden ga som forventet færre proteintreff, i gjennomsnitt ~ 2 treff pr. parallell av T-lymfocyttprøve og ~ 9 treff pr. parallell av tarmprøve, enn direkte in-solution proteolyse med eller uten den overflateaktive forbindelsen SDC.
•Direkte in-solution proteolyse av prøver. Metoden ga i gjennomsnitt ~ 47 proteintreff pr. parallell for T-lymfocyttprøve, og ~11 treff pr. parallell for tarmprøve. Det var treff på både proteiner som finnes i alle eukaryote celler, slik som histoner, og også på proteiner som er mer spesifikke for noen typer celler, slik som plastin-2 i T-lymfocyttprøve og defensin-5 i tarmprøve.
•Bruk av surfaktanten SDC for å ekstrahere/løse P-gp ut av membranen, og in-solution proteolyse. Metoden ga i gjennomsnitt ~ 29 proteintreff pr. parallell av T-lymfocyttprøve. Mange av proteinene var de samme som ble sett etter direkte in-solution proteolyse av T-lymfocytter, som myeloperoxidase, protein S100-A9, protein S100-A8 og talin-1.
•Gelelektroforese med in-gel proteolyse. Selv om P-gp ble påvist på gelen ved hjelp av westernblotting, ble ikke proteinet påvist etter proteolyse og påfølgende LC-MS/MS-analyse.
Gen ontologi (GO) kommentarer (forklaringer) ble funnet for en rekke av proteinene i T-lymfocyttprøve, og de største gruppene av cellulære proteiner som ble identifisert var plasmamembran-, cellekjerne-, kromosomale-, og ekstracellulære proteiner.
Selv om ikke P-gp ble detektert i prøvene etter analyse, viser resultatene med en del proteintreff at proteolyse, LC-MS/MS-analyse og påfølgende identifisering av proteiner ved hjelp av Proteome Discoverer og SEQUEST fungerer for andre proteiner i prøvene. | nor |
dc.language.iso | nob | en_US |
dc.subject | P-glykoprotein P-gp LC-MSIMS tarmceller t-lymfocytter | en_US |
dc.title | ANALYSE AV T-LYMFOCYTTER OG TARMCELLER FOR Å DETEKTERE P-GLYKOPROTEIN | en_US |
dc.type | Master thesis | en_US |
dc.date.updated | 2010-09-07 | en_US |
dc.creator.author | Brekke, Malin | en_US |
dc.subject.nsi | VDP::568 | en_US |
dc.identifier.bibliographiccitation | info:ofi/fmt:kev:mtx:ctx&ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:dissertation&rft.au=Brekke, Malin&rft.title=ANALYSE AV T-LYMFOCYTTER OG TARMCELLER FOR Å DETEKTERE P-GLYKOPROTEIN&rft.inst=University of Oslo&rft.date=2010&rft.degree=Masteroppgave | en_US |
dc.identifier.urn | URN:NBN:no-24891 | en_US |
dc.type.document | Masteroppgave | en_US |
dc.identifier.duo | 102637 | en_US |
dc.contributor.supervisor | Léon Reubsaet, Håvard Loftheim og Trine Grønhaug Halvorsen | en_US |
dc.identifier.bibsys | 101558120 | en_US |
dc.identifier.fulltext | Fulltext https://www.duo.uio.no/bitstream/handle/10852/11898/1/Malin_Brekke.pdf | |